目前,医院有国家教育部重点学科2个(肿瘤学、临床病理学)、国家临床重点专科3个(病理科、中西医结合科、肿瘤科),卫生部临床重点学科3个(乳腺癌、放射治疗、病理学)、上海市临床医学中心2个(放射治疗、乳腺癌)、上海市医学重点学科1个(临床病理学)、复旦大学重中之重学科4个(乳腺癌、放射治疗、病理学、大肠癌)。医院为上海市病理质控中心、放射治疗质控中心、肿瘤化疗质控中心、上海市抗癌协会挂靠单位。医院设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构,以及上海市乳腺肿瘤重点实验室(筹)、复旦大学肿瘤研究所、复旦大学病理研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学胰腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学前列腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学甲状腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心、复旦大学生物医学影像研究中心等科研机构。主办《中国癌症杂志》、《肿瘤影像学》、英文版《Journal of Radioation Oncology》3本学术期刊,以及《抗癌》科普杂志。