肿瘤基因检测报告怎么看,收藏这份肿瘤基因检测报告解读秘籍,小白也能看懂"天书"
你看过肿瘤基因检测报告吗?
能读懂嘛?
动辄几十页的基因检测报告,里面充满形色的专业医学术语和生物信息学描述,对没有任何医学/生物学基础的患者来说犹如“天书”。
但繁事可简,万事有方,今天小编和整理了一份让小白也能看得懂的基因检测报告解读秘籍,看完便能快速上手一份肿瘤基因检测报告,赶紧学起来吧!
一份完整科学的基因检测报告应该包括哪些内容
在正式阅读之前我们先了解一份基因检测报告的组成。尽管基因检测方法多样,但基因检测报告主要原则是一致的,即应符合《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》和《临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识》等基本规范。
首先,报告正文必不可少以下内容,包括:
(1)检测机构的信息和联系方式;
(2)受检者基本信息:受检者姓名、性别、出生日期、检测日期(或样本送检日期)、检测的目的和受检者的临床信息;
(3)送检机构及医师信息;
(4)检测样本信息;
(5)报告发布日期;
(6)检测项目;
(7)检测结果:包括但不限于检出的基因变异;
(8)结果解读及建议;
(9)检测报告撰写者、审核者及签发者(亲笔签名或电子签名),或者第三方检测机构的“检测报告专用章”。
其次是需要以附录形式呈现的信息,如检测范围和局限性、检测范围内的基因列表、质控数据、变异位点Reads图、Sanger测序图、与疾病临床干预及其他有用的资源信息等。
一份基因检测报告新鲜出炉,提纲挈领有"四看"
一看基本信息
拿到一份基因检测报告,首先需要了解基本信息,包括诊断信息、样本类型、取样部位、取样手段、用药史等。
诊断信息明确了癌种,如肺癌、结直肠癌等,对后续药物敏感性的分析起着重要作用,如肺癌肝转移和肝癌肺转移,在治疗方案上不同,治疗方案大多以原发病灶为准。
用药史是需要明确患者既往用过什么药物治疗方案,比如患者初诊时基因检测为EGFR 19外显子缺失突变,一线使用吉非替尼,进展后再次基因检测,还是EGFR 19外显子缺失突变,虽然药物敏感性里还是推荐吉非替尼,但对于这位患者来说,无法作为有效指导。
二看基因突变丰度
突变丰度是指在某个基因位点所有的等位基因中,突变等位基因所占的相对比例(相对野生型等位基因)。多数情况下,肿瘤细胞占比不是100%,所以突变丰度一般都会小于50%。在发生拷贝数变异的情况下,突变丰度则可能会超过50%。
很多病友会遇到这样的问题:检测有基因突变但是丰度太低,因而纠结用药有效的问题。其实丰度的高低与样本、检测方式、质控等都有关。对于已经接受治疗出现进展的患者,在有条件的情况下,哪里进展就取哪里的样本送检。
所以丰度低不代表疗效不好,应该将丰度变化作为动态监控的指标,通过变化趋势预测当前的治疗效果。
三看基因变异临床意义等级
体细胞变异按照其临床意义的重要性分为4类变异:
Ⅰ类变异,有重要的临床意义,具有A级或B级证据;Ⅱ类变异,有潜在的临床意义,具有C级或D级证据;Ⅲ级变类,临床意义不明;Ⅳ类变异,无害或可能无害。
对于多基因变异、特别是多个潜在驱动变异共存的情况,要结合肿瘤类型、既往治疗史、相对突变丰度、既往分子检测结果等信息综合判读,以推测不同变异之间的逻辑关系(原发性VS获得性、主克隆VS亚克隆、敏感克隆VS耐药克隆),指导后续治疗。
四看质量控制
拿到一份基因检测报告,相信绝大多数人只看是否检测出了明确突变,其实更多详细信息会以附录形式出现在报告主体内容后,然而这部分往往容易被忽略。
一份报告的结果是否真实可信,依赖于这些看似不起眼的“附加信息”,包括检测方法、可报告范围(检测内容)、质控参数、局限性说明等。如果该样本未满足部分质控指标,就不能保证报出位点的可信度,需要结合临床与病史谨慎用药。
注意!"靶向治疗"和"遗传风险"是基因检测报告的核心
信息量最大的部分来了!对于需要用药指导的患者,需要重点关注靶向用药、化疗、DDR(DNA损伤修复基因)等检测结果模块,通过一份基因检测的结果就可以知道靶向治疗和遗传风险。
发掘靶向治疗机会
靶向治疗是指在细胞分子水平上,针对已经明确的致癌位点的治疗方式,目前臻和百适博®中覆盖的靶向治疗相关基因就达87个。
以肺癌患者举例,在中国有50%以上的患者存在驱动基因的突变,在对晚期肺癌患者进行检测的时候,首先需要关注有没有可治疗的靶点,发现靶向治疗的机会。
检测报告中对于治疗方案响应类型可分为敏感、耐药、响应性低以及有争议四类。其中“敏感”则表示已有研究结果表明特定分子特征对单药治疗或联合治疗敏感。“耐药”表示已有研究结果表明某种分子特征对特定的单药治疗或联合治疗具有耐药性。
肿瘤遗传易感性筛查
肿瘤中有5-10%是具有遗传性的!肿瘤易感基因遗传筛查,就是瞄准这些与遗传性肿瘤相关的基因,查看其是否存在致病变异或可能致病的变异,从而给出受检者及其子女患癌风险评估及相应的健康管理建议。
简单来说,这个筛查主要是看一个人获得遗传癌症机率有多大!但检测结果只能告诉你“患癌”的机率,并不能告诉你现在有没有得癌症,也不能告诉你将来是不是一定会得癌症。
DDR基因指导临床用药
DDR基因是一类具有DNA损伤修复功能的基因,例如BRCA1、BRCA2、ATM、MSH2、PALB2等基因,在DNA损伤修复机制中起到重要作用,用以维持人类基因组的稳定性。
DDR基因功能缺失与癌症发生、进展和治疗密切相关,DDR基因变异在许多癌症患者中普遍存在。但要注意的是,并非任何一种DDR基因发生突变,患者都会对PARP抑制剂、免疫检查点抑制剂和铂类敏感,需要根据具体基因突变类型,变异致病性和目前研究结果综合评估,切勿盲目用药。
除了靶向治疗和遗传风险评估,我们还需要关注基因突变和免疫治疗的关系,与免疫治疗相关的肿瘤标志物TMB、MSI(微卫星不稳定性)、PD-L1、HLA(人类白细胞抗原)需要重点关注。
当然以上各种检测项目结果需要相互参考,综合判断,不能盲目用药噢~
内容来源:臻和基因