北京清华长庚医院秉承“医疗服务以患者为中心，医院运营以医师为核心，医院发展以员工为重心”的宗旨，创立并践行精准医疗、精诚服务、精益管理的“三精医疗”理念，着力打造现代健康医疗服务体系。医院致力于建构卓越医师培养体系和先端健康科技创新体系，塑造医教研三位一体的国际化学术型医院（Academic hospital）。医院开业之初即确立以国际一流医学中心为目标的“三步走”十年发展规划，即2014—2017年，“综合建构，奠定基础”；2018—2020年，“特色发展，塑造品牌”；2021—2025年，“卓越品质，成就一流”。
北京清华长庚医院借鉴并在地化台湾长庚纪念医院管理模式，构建现代医院管理体制和运营模式，实行党委领导下的院长负责制，专业化医疗团队与职业化行政团队分工协同治理，提高医院管理的效率和效益。
医院以优越的事业平台、舒心的工作环境和体面的薪酬待遇，从海内外引进了一批优秀的专家，组成高水平医疗团队。首任院长董家鸿为国际著名肝胆胰外科和肝脏移植专家，于2017年当选中国工程院院士。医院实行Attending医师负责制、全责护理制和全人照护模式，并全面推行患者为中心、以疾病为导向的整合式医疗，持续优化医疗流程，为各类病患提供高效、优质、经济的诊疗服务，不断提升疾病治愈率和康复水准。
医院已经形成了涵盖内科部、外科部、妇儿部、专科部、急重症部、医技部、全科与健康医学部的7大医疗部和50余个临床医技专科，初步建成综合实力雄厚、专科阵容强大、名医名家汇聚、医院治理良善、医疗品质一流，在业界和社会享有美誉的综合性精品医院；形成了肝胆胰中心、神经中心、消化中心、急重症中心等优势突出的整合式医疗中心，涌现出心脏内科、妇产科、耳鼻咽喉头颈外科、泌尿外科、骨科、放射科、麻醉科等重点专科。医院开展国内外领先的医疗技术百余项，创下多项世界记录，以先进技术和优质服务成功救治了大批来自海内外的复杂危重病患，综合水平进入全国三级公立医院绩效考核前百位。
医院充分借鉴台湾长庚纪念医院和国际顶尖学术型医院的先进医学教育理念和成功经验，创新医学教育模式和方法，业已建立了完善的住院医师-专科医师一体化培训体系，启动了基于器官系统的临床医学MD教育体系建设。医院于2018年成为国家住院医师规范化培训基地和国家专科医师规范化培训试点基地。肝胆胰外科成为国际临床专科Fellowship培训中心；泌尿外科成为世界腔内泌尿外科学会（Endourology Society ）Fellowship培训基地，同时获批欧洲泌尿学会“Set up”泌尿外科内镜手术标准化培训项目。2018年12月，医院获批为首批国家临床教学培训示范中心。
医院以解决临床问题和满足社会健康需求为引擎，依托清华大学雄厚的综合性学科优势创建了跨学科、跨领域交叉融合的清华健康科技创新体系，形成B2B2C（即Bedside-Bench-Customer）临床转化科学研究体系。七年来，科技创新体系与科技创新平台已经建立，依托医院成立了清华大学精准医学研究院，30个专业获得国家药物临床试验资质，46个专业备案国家医疗器械临床试验资质，2021年11月获批成为智慧健联体关键技术北京市工程研究中心，科研人才梯队初具规模，创新成果崭露头角。
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