医院于2012年7月1日起运营，逐步引进国际一流的先进医院管理经验和医疗技术，为市民提供优质医疗服务。医院以深港合作为契机，全面引进香港大学具国际一流水平之优势学科，并优先打造卓越诊疗中心，包括心血管医学中心、神经医学中心、肿瘤医学中心、骨科医学中心、生殖与产前诊断医学中心。同时，医院设立国际医疗中心，提供国际先进水平的高端医疗和健康管理服务，设立华为社康中心提供基层医疗服务，满足市民、香港跨境人员和外籍人士多层次、多元化、个性化的医疗服务需求。
医院于2015年9月通过澳大利亚医疗服务标准委员会（ACHS）全机构认证，2017年11月正式成为国家三级甲等综合医院。2018年6月，医院成功入选广东省高水平医院建设单位，全力打造集“医、教、研、管”为一体的四个粤港澳大湾区国际化中心，包括医疗中心、医学人才培养中心、医学科技创新中心和医院管理创新中心。2021年7月成为国家公立医院高质量发展试点医院，2021年12月成为国家建立健全现代医院管理制度试点医院，将继续探索改革创新路径，配合全国公立医院高质量发展。 未来医院的愿景不仅是发展成为“国内一流、国际知名”的现代化医院，更将成为国际顶尖的教学医院和医学院，为国家培养医疗人才。
愿景 —— 国内一流 国际知名
借助深港合作，香港大学深圳医院致力于成为一家“国内一流、国际知名”的现代化医院，不仅于医学领域领先同侪，亦全面发展教学科研，培养优秀人才。使命 —— 医改先锋 合作共赢
香港大学深圳医院致力于：
- 深化深港医疗卫生领域的合作，借鉴、引进国际一流的先进医院管理经验和医疗技术，通过体制机制改革创新和资源互补整合， 创新公立医院管理新模式；
- 作为香港大学重要的医疗、教学和科研平台，致力推动国际学术交流及提升医学水平；
- 致力推动安全和高质素医疗服务，提供基本医疗和特需医疗的服务，以病人为中心，忠诚维护和促进服务对象的身心健康；
- 建立透明、廉洁、高效的医疗文化，倡导以人为本、博学行医、廉洁敬业、平等互爱的职业精神；
- 为员工提供合理薪酬及持续的职业发展环境，以培养、激励及挽留高质素的优秀人才。
价值观 —— 卓越 创新 信任 关爱
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