北京市神经外科研究所、国家神经系统疾病临床医学研究中心、北京市伽玛刀治疗研究中心、北京市脑血管病抢救治疗中心、国家脑血管病创新药物临床评价技术平台、WHO在中国的神经科学培训合作中心、北京脑重大疾病研究院脑卒中研究所、北京脑重大疾病研究院脑肿瘤研究所、北京神外学院、首都医科大学第五临床医学院、全国脑血管病防治办公室、北京市脑血管病临床研究中心、北京市脑血管病防治指导办公室、中国卒中培训项目以及《中华神经外科杂志》、《中国卒中杂志》等一批机构设在我院。
神经外科学、神经病学、医学影像与核医学是国家重点学科。
神经外科、神经内科、护理专业是国家重点专科。
院所共有博士培养专业12个，硕士培养专业25个；博士生导师52名，硕士生导师102名。
功能神经外科和清华大学联合被授予国家级神经调控工程中心称号；我院的脑血管病中心是北京市脑血管病临床研究中心和国家“十二五”重大新药创制脑血管病临床评价的依托平台；赵继宗教授获得了“2012年Walter E. Dandy神经外科学会荣誉奖”；戴建平教授入选美国科学院2012年新一批外籍院士,成为继巴德年、陈竺、韩启德之后又一来自中国的该院外籍院士；王拥军副院长获得 2012年首都十大危险疾病科技成果推广专项和北京市科技惠民奖，主编了2012 年卫生部颁布的《缺血性脑卒中诊断和诊疗质量控制》，其带领的脑血管病防治研究创新团队入选科技部2013年重点领域创新团队（首批）。
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