北京市神经外科研究所、国家神经系统疾病临床医学研究中心、北京市伽玛刀治疗研究中心、北京市脑血管病抢救治疗中心、国家脑血管病创新药物临床评价技术平台、WHO在中国的神经科学培训合作中心、北京脑重大疾病研究院脑卒中研究所、北京脑重大疾病研究院脑肿瘤研究所、北京神外学院、首都医科大学第五临床医学院、全国脑血管病防治办公室、北京市脑血管病临床研究中心、北京市脑血管病防治指导办公室、中国卒中培训项目以及《中华神经外科杂志》、《中国卒中杂志》等一批机构设在我院。

　　神经外科学、神经病学、医学影像与核医学是国家重点学科。

　　神经外科、神经内科、护理专业是国家重点专科。

　　院所共有博士培养专业12个，硕士培养专业25个；博士生导师52名，硕士生导师102名。

　　功能神经外科和清华大学联合被授予国家级神经调控工程中心称号；我院的脑血管病中心是北京市脑血管病临床研究中心和国家十二五重大新药创制脑血管病临床评价的依托平台；赵继宗教授获得了2012年Walter E. Dandy神经外科学会荣誉奖；戴建平教授入选美国科学院2012年新一批外籍院士,成为继巴德年、陈竺、韩启德之后又一来自中国的该院外籍院士；王拥军副院长获得 2012年首都十大危险疾病科技成果推广专项和北京市科技惠民奖，主编了2012 年卫生部颁布的《缺血性脑卒中诊断和诊疗质量控制》，其带领的脑血管病防治研究创新团队入选科技部2013年重点领域创新团队（首批）。