东京慈惠会医科大学成立于1881年，1921年成立日本私立大学并开设大学教育。战前私立医科大学中，东京慈惠会医科大学、庆应义塾大学医学部、日本医科大学被称为皇家私立医院。

东京慈惠会医科大学的4家附属医院（包括该院、葛饰医疗中心、调布狛江第三医院、千叶的柏医院）和晴海的诊所（慈惠医大晴海诊所）皆以该院为中心位于首都圈内，各机构之间相互协调与合作。4家附属医院共有2700张病床，该院有一般病床1026张，精神病病床49张，日均门诊人数共计约为7500人，是一所日本国内大规模的大学附属医院。

该院历史悠久，1882年8月，最初由高木兼宽成立有志共立东京医院，1887年昭宪皇太后赐予慈惠一名，后改称为东京慈惠医院。1907年社团法人东京慈惠会成立，改名为东京慈惠会医院。

主要科室有消化系统肝脏内科，神经内科，肾脏高血压内科，风湿病结缔组织病内科，循环系统内科，糖尿病代谢内分泌内科，血液肿瘤内科，呼吸系统内科，小儿科，皮肤科，精神神经科，消化系统外科，肝胆胰外科，乳腺内分泌外科，呼吸系统外科，甲状腺外科，血管外科，小儿外科，整形外科，脑神经外科，心脏外科，妇产科，泌尿科，眼科，耳鼻喉科，形成外科，康复科齿科，造血细胞治疗中心，综合母子健康医疗中心，脑血管内治疗部，急救部，外来手术中心。

缺血性心脏病(心绞痛、心肌梗塞、心肌梗塞后综合症)；

心脏瓣膜炎(大动脉律师狭窄症~关闭不全症、僧帽瓣关闭不全症~狭窄症)；

胸部大动脉疾病(胸部大动脉肿瘤,大动脉分离等)；

成人的先天性心脏病(心房中隔不足而)；

心脏起搏器手术。